1、在照明方式上看

熒光顯微鏡的照明方式一般是用落射式，也就是說光源是通過物鏡來投放于試驗樣本上。

2、在分辨率上看

熒光顯微鏡利用的是紫外線做為光源，波長比較短，但是分辨率卻高于普通的光學顯微鏡。

3、在濾光片上的不同

熒光顯微鏡是用了兩個特殊的濾光片，在光源前用是用來濾出可見光，在物鏡和目鏡之間的使用來濾出紫外線，這樣可以保護人的眼睛。